Dalla simulazione del DNA i farmaci anticancro del futuro

Nelle cellule, sono numerose le proteine che si legano al DNA, generalmente perché riconoscono le caratteristiche di forma e superficie di questa molecola ubiqua. Di conseguenza, è possibile legare a queste proteine anche altre strutture che simulano il DNA e studiare come avvengono queste interazioni.

Il progetto DNAMI (Aromatic oligoamide foldamers as mimics of double helical DNA), finanziato dall’UE, ha cercato di progettare e creare strutture di questo tipo, testandone poi l’idoneità come simulazioni del DNA (DNAMI).

Prima di tutto, il team ha creato due diversi monomeri basati su quinolone, ottenendo blocchi costitutivi che possono essere combinati per formare il DNAMI, e li ha poi legati in oligomeri composti da 2-16 ripetizioni di coppie di monomeri. I ricercatori hanno inoltre creato versioni solubili in acqua di questi oligomeri.

Il progetto DNAMI ha quindi concentrato la sua attenzione sulla caratterizzazione fisica e funzionale degli oligomeri. Strutturalmente, gli oligomeri erano identici a brevi sequenze di DNA lunghe fino a 8 coppie base.

Per testare la simulazione funzionale, gli scienziati hanno utilizzato test topoisomerasi (Top1). Il Top1 è una comune proteina di legame del DNA e il test permette di misurare l’inibizione del legame del DNA. Gli oligomeri creati nel DNAMI potrebbero inibire molto efficacemente il legame del DNA, riuscendo così a simulare la funzionalità del DNA a elica.

Una molecola sintetica che si presenta e si comporta come il DNA offre un enorme potenziale per la futura ricerca biologica. In ultima analisi, questo tipo di molecola potrebbe persino aprire nuove prospettive terapeutiche in oncologia, inibendo le proteine di legame iperattive del DNA.